- 山田の藤(やまだのふじ):玉名市
- 上十町のイチイガシ(かみじゅっちょうのいちいがし):和水町
- 山森阿蘇神社のクスノキ(やまもりあそじんじゃのくすのき):和水町
- 栗崎の天神樟(くりさきのてんじんくす):宇土市
- 赤瀬オハツキイチョウ(あかせおはつきいちょう):宇土市
- 郡浦の天神クスノキ(こうのうらのてんじんくすのき):宇城市
- 麻生原のキンモクセイ(あそうばるのきんもくせい):甲佐町
- 茂道海岸の植物(もどうかいがんのしょくぶつ):水俣市
- 鼠蔵島のキノクニスゲ(そぞうじまのきのくにすげ):八代市
- 市房山のツクシアケボノツツジ(いちふさやまのつくしあけぼのつつじ):水上村
- モウセンゴケ(もうせんごけ):山江村
- ツクシイバラ(つくしいばら):錦町
- 丸池のリュウキンカ(まるいけのりゅうきんか):あさぎり町
- スズラン自生地(すずらんじせいち):阿蘇市
- 大観峰および外輪山の植物(だいかんぼうおよびがいりんざんのしょくぶつ):阿蘇市
- 仙酔峡のミヤマキリシマ(せんすいきょうのみやまきりしま):阿蘇市
- 根子岳の植物(ねこだけのしょくぶつ):高森町
- 一心行の大桜(いっしんぎょうのおおざくら):南阿蘇村
- 日輪寺のラカンマキ(にちりんじのらかんまき):山鹿市
- 久老のタブノキ(きゅうろうのたぶのき):山鹿市