- 菊池城跡と十八外城(きくちじょうあととじゅうはちとじょう):菊池市
- 城村城跡(じょうむらじょうあと):山鹿市
- 隈部館跡(くまべやかたあと):山鹿市
- 田中城跡(たなかじょうあと):和水町
- 布田保之助の墓(ふたやすのすけのはか):熊本市
- 八勢の眼鏡橋と石畳(やせのめがねばしといしだたみ):御船町
- 大慈禅寺(だいじぜんじ):熊本市
- 一夜塘跡(いちやどもあと):熊本市
- 相良堂(さがらどう):宇城市
- 竹崎季長の墓(たけざきすえながのはか):宇城市
- 甲斐宗運夫婦の墓(かいそううんふさいのはか):御船町
- 宮部鼎蔵生家跡(みやべていぞうせいかあと):御船町
- 緑川製糸場跡(みどりかわせいしじょうあと):甲佐町
- 御船手渡し場跡(おふなてわたしばあと):熊本市
- 熊本製糸工場煙突跡(くまもとせいしこうじょうえんとつあと):熊本市
- 一里木跡(いちりぎあと):熊本市
- ハマジンチョウ群落(はまじんちょうぐんらく):苓北町
- 河浦町のヘゴ自生地(かわうらまちのへごじせいち):天草市
- 龍ヶ岳のウバメガシ林(りゅうがたけのうばめがしりん):上天草市
- 倉岳町のヒモヅル(くらたけまちのひもづる):天草市